嘉庚学院实行董事会领导下的院长负责制。作为学院的决策机构，董事会全权负责学院的管理运作。董事长为学院法定代表人。学院院长由董事会推荐报厦门大学任命。学院设立由院长主持的院务会，研究决定学院的发展规划、课程体系改革、师资队伍建设和对外合作与交流等各项重大决策，并负责评估、监察学院的教学和行政管理工作。学院设立学院办公室、信息与规划部、招生办公室、实习与就业服务中心、教务部、教育技术服务中心、对外交流与合作部、IT服务中心、学工部、团委、人力资源部、财务部、资产与后勤管理部等一系列相关部门，负责学院各项工作的实施。学院实行院、系二级管理，各系主任、副主任由院务会讨论决定后，由院长聘任。学院制定了一系列相关的规章、制度，确保各项工作的制度化运作。